一、针对对象不同

预包装食品备案主要针对的是仅销售预包装食品的经营者。根据《中华人民共和国食品安全法》第三十五条，仅销售预包装食品的，不需要取得食品经营许可证，但应当报所在地县级以上地方人民政府食品安全监督管理部门备案1。

食品经营许可证针对的是所有从事食品生产、食品销售、餐饮服务的单位和个人。这些经营者必须依法取得许可，即食品经营许可证，方可进行食品经营活动1。

二、适用法律法规不同

预包装食品备案主要依据的是《中华人民共和国食品安全法》中关于预包装食品销售的相关规定1。

食品经营许可证的发放和管理则依据《中华人民共和国食品安全法》以及《餐饮服务许可管理办法》等相关法律法规1。

三、性质和作用不同

预包装食品备案是一种报告制度，旨在让食品安全监督管理部门了解仅销售预包装食品的经营者的情况，以便进行监管。备案并不是一种行政许可，因此不具有排他性1。

食品经营许可证则是一种行政许可，具有排他性。它证明经营者已经满足了从事食品生产经营活动的法定条件，并得到了卫生行政部门的批准。未取得食品经营许可证的单位和个人不得从事食品生产经营活动1。

四、销售类目范围不同

预包装食品备案只能用于销售预包装食品，对于其他散装、特殊食品则不能销售3。

食品经营许可证的经营范围更为广泛，通常包括预包装食品销售、散装食品销售、特殊食品销售等，适合全类目运营商家或者进行保健食品销售的商家3。

五、平台适用性不同

由于食品经营许可证的quanwei性更高，各平台都对其予以认可。而预包装食品备案表在某些平台上可能不被认可3。

六、申请流程和管理机构不同

预包装食品备案流程相对简单，通常由市场监管部门实施5。

食品经营许可证申请流程复杂，由行政审批部门审核发放5。